Ai tempi del Ducato di Milano, il comune di San Bartolomeo faceva parte della pieve di Porlezza.
I cassinaggi di Galbino, Vora e Sora risultano parte integrante di San Bartolomeo già nel 1751.
Quando, nel 1812, Napoleone Bonaparte decretò un intervento di concentrazione dei comuni meno popolosi del Regno d’Italia, San Bartolomeo venne incorporato nel comune di San Nazzaro. Tale aggregazione venne tuttavia abrogata nel 1816 per mano degli austro-ungarici, tornati in possesso della Lombardia in seguito alla caduta di Napoleone e determinati nel riformare l’amministrazione del costituito Regno Lombardo-Veneto mediante l’attivazione di nuove province, tra cui quella di Como.
In seguito all’unità d’Italia, un Regio decreto dell’8 febbraio 1863 decretò la ridenominazione del comune di San Bartolomeo in “San Bartolomeo Val Cavargna”.
Una seconda aggregazione dei comuni di San Bartolomeo Val Cavargna e San Nazzaro Val Cavargna fu in vigore tra il 1928 e il 1950.